Самое простое всплывающее окно

<script>
$(document).ready(function() {
setTimeout ("$('#div1').show('drop');", 1000);
setTimeout ("$('#div1').hide('drop');", 3000);
});
</script>

Или (отличаются эффектами.):

<script>
$(document).ready(function() {
setTimeout ("$('#div1').fadeIn('fast');", 1000);
setTimeout ("$('#div1').fadeOut('slow');", 3000);
});
</script>

HTML

<div id='div1' style="display: none; position:absolute; top:50%; left:30%; background-color: grey; border: 1px solid lightblue; width: 450px; padding: 10px;">Содержание</div>

 Пояснения:

div1 - id блока, который мы будем показывать и прятать

show или fadeIn - это наш "эффект" с которым будет появляться скрытый div

hide или fadeOut - это то как он будет прятаться

1000 - это задержка в миллисекундах (1000 - это одна секунда) момента появления всплывающего окна после загрузки страницы

3000- это задержка момента, когда мы будем скрывать окно. Т.е. при таком раскладе (1000\3000) окно "провисит" 2 секунды.